Là con trai duy nhất và là người thừa kế của Vua Ferdinando II của Hai Sicilie với người vợ đầu tiên của ông, Maria Cristina xứ Savoy, Francis II là vị vua cuối cùng của Vương tộc Borbone-Hai Sicilie. Việc học hành của ông đã bị bỏ bê nhiều và ông tỏ ra là một người đàn ông có tính cách nhu nhược, chịu ảnh hưởng lớn từ người mẹ kế của mình, Nữ đại công tước Maria Theresia của Áo, người mà ông thấy rất sợ, cũng như bởi các linh mục và Camarilla, triều đình phản động.[1]

Vào ngày 3 tháng 2 năm 1859 tại Bari, Francis kết hôn với Nữ công tước Maria Sophie của Bayern, thuộc hoàng gia Bayern của Vương tộc Wittelsbach (em gái của Hoàng hậu Elisabeth "Sissi" của Áo). Tuy nhiên, cuộc hôn nhân của họ không hạnh phúc. Con gái duy nhất của họ, Maria Cristina, được sinh ra 10 năm sau khi cha mẹ cô kết hôn và chỉ sống được ba tháng (24 tháng 12 năm 1869 - 28 tháng 3 năm 1870).